Sim, mas segundo as regras do PROUNI MEC, você só pode mudar para cursos que sejam com da mesma área do curso de concessão.
O pedido é feito pelo Portal de Serviços > Requerimentos > Mudança de Curso, basta ler a descrição do requerimento e no campo de justificativa não se esqueça de informar para qual curso deseja a troca da sua bolsa Prouni.