O Prouni possui duas etapas em seu processo seletivo:
O processo regular e o processo de ocupação das bolsas pela lista de espera.
No processo regular, são feitas duas chamadas com prazos distintos para comprovação de informações, os candidatos elegíveis são aqueles que tenham participado do Exame Nacional do Ensino Médio (ENEM) no ano anterior à sua inscrição, obtido uma pontuação mínima de 450 pontos na média das notas das provas do Enem e não zerado a redação.
Ambos os processos de inscrição são realizados de forma gratuita e exclusivamente online, através da página do Prouni.
O programa realiza dois processos seletivos anuais, um no primeiro semestre e outro no segundo semestre.